O desconto de 6% pelo vale-transporte recai apenas sobre o valor do salário básico do trabalhador. Ou seja, não inclui outras parcelas salariais que possam compor a remuneração do empregado, como adicionais e gratificações.
Em um caso analisado pelo juiz Marcos Penido de Oliveira, em atuação na 38ª Vara do Trabalho de Belo Horizonte, ficou constatado que o empregador fazia incidir o desconto do vale transporte sobre o total da remuneração do reclamante e não só sobre o salário básico.
Conforme explicou o juiz, esse procedimento ofende o artigo 9º, inciso I, do Decreto 95.247/1987. O dispositivo diz o seguinte: "O Vale-Transporte será custeado pelo beneficiário, na parcela equivalente a 6% (seis por cento) de seu salário básico ou vencimento, excluídos quaisquer adicionais ou vantagens".
Nesse quadro, o juiz determinou a restituição dos valores descontados indevidamente no contracheque do reclamante a título de vale transporte. A empresa interpôs Recurso Ordinário, que se encontra em trâmite no Tribunal Regional do Trabalho da 3ª Região (MG). Com informações da Assessoria de Imprensa do TRT-3.
Processo 02232-2013-138-03-00-0

FONTE: http://www.conjur.com.br/2015-jul-22/desconto-vale-transporte-incide-salario-basico